O sistema não permite o trâmite de documentos avulsos. Todo documento deverá estar contido em um processo criado previamente. Há duas modalidades possíveis de documentos em um processo do SEI. A primeira é o documento gerado a partir do editor do próprio sistema (desejável). A segunda alternativa é o documento externo: documentos digitalizados ou nos vários formatos que possam ser importados para o sistema.
Assim como ocorre ao iniciar um processo, os documentos deverão ser identificados com um tipo previamente registrado no sistema. Para documentos gerados, este enquadramento ocorrerá durante a escolha do tipo do documento. Para documentos externos, o enquadramento ocorrerá durante o cadastro de dados do documento. A inclusão de documentos se dá por meio do ícone 
na tela do processo:
Na tela “Gerar Documento” será escolhido o tipo de documento desejado, sendo que os tipos mais utilizados ficam em destaque assim que a tela é aberta. Para visualizar outros tipos, selecione o ícone
ao lado de “Escolha o Tipo do Documento”. Para voltar à lista anterior, basta selecionar o ícone 
.
Após a operação de inclusão, o documento é inserido automaticamente na árvore de documentos do processo e fica disponível para edição ou assinatura.
Sempre que um documento for clicado, o SEI irá tarjá-lo em azul e a visualização de seu conteúdo ficará disponível do lado direito da tela. Também será apresentada uma nova barra de menu com todas as ações possíveis para documentos.
A cada vez que um documento for incluído ou quando um documento (interno ou externo) for assinado, ficará visível um alerta 
para todas as unidades em que o processo estiver aberto, exceto para a unidade geradora do documento. O ícone fica visível até que o primeiro acesso ao processo seja realizado. A ocorrência do acesso em uma das unidades não impede que o alerta continue visível para as demais.
1. O sistema permite a alteração dos dados de cadastro de documentos para todas as unidades em que o processo esteja aberto, ainda que o documento já tenha sido assinado digitalmente.
2. O sistema permite, inclusive, a troca do tipo do documento por qualquer unidade em que o processo esteja aberto.
3. O sistema também permite que possam ser enviados e-mails que comporão a árvore de documentos do processo. Não é possível cancelar ou excluir estes e-mails.
4. A inclusão de um documento com restrição do nível de acesso em um processo com menor nível de restrição faz com que todo o processo receba o nível de restrição do documento inserido (para saber mais sobre processo e documentos com níveis de restrição de acesso, consulte: 
Processos com Restrição de Acesso).
