Na primeira instância, o julgamento é realizado pelos Conselhos de Justiça, formados pelo Juiz Federal da Justiça Militar, que o preside, e quatro oficiais. Esse arranjo é chamado de Escabinato. Ao Conselho Especial de Justiça compete processar e julgar oficiais, exceto os oficiais-generais, que são processados diretamente no Superior Tribunal Militar.
O Conselho Permanente de Justiça é competente para processar e julgar militares que não sejam oficiais das Forças Armadas. Os civis são julgados monocraticamente pelo Juiz Federal da Justiça Militar, bem como os militares acusados juntamente com civis.
