Um dos principais conceitos do sistema é a gestão por processo. Assim, para se criar um documento deve-se antes iniciar o Tipo de Processo correspondente ou inserir o documento em um processo já existente. Isso viabiliza os relatórios de Estatísticas da Unidade e Desempenho de Processos no SEI, o que inclui o tempo médio de cada Tipo de Processo no Órgão e o tempo médio de tramitação do Tipo de Processo em cada Unidade (para saber mais sobre estatísticas, consulte: 
Medições de Desempenho).
