Com o fim de permitir que documentos em formato PDF possam ter o conteúdo pesquisável ao serem inseridos no sistema e também para garantir melhor desempenho do ao longo do tempo, é importante que o processo de digitalização siga certos parâmetros, como por exemplo:
a) Cor: monocromático;
b) Resolução: 150 px;
c) Opção de reconhecimento de texto (OCR): ativada.
Há algumas configurações que podem não ser reproduzidas como no documento original, tais como fonte e tamanho dos caracteres; espaço entre os caracteres e entre as linhas; caracteres sublinhados, em negrito ou itálico; sobrescrito/subscrito. (para saber mais sobre a funcionalidade de pesquisa, consulte: 
Métodos de Pesquisa).
A qualidade de conversão em OCR depende da qualidade do documento original e dos parâmetros de digitalização. Não são recomendados para o reconhecimento de texto os documentos com layout complexo, constituídos por diagramas, tabelas e textos (como folhetos, revistas e jornais); documentos contendo tabelas sem linhas de borda ou tabelas com formatos de células complexas; tabelas complexas com subtabelas, diagramas e gráficos; fotografias e textos na vertical; documentos de layout complexo que contêm textos misturados com diagramas ou ilustrações; documentos que contêm fotografias ou padrões configurados como plano de fundo; documentos com texto de cor clara em fundo escuro.
Há alguns tipos de documentos que podem não ser reconhecidos corretamente no processamento do OCR como, por exemplo, documentos que possuem caracteres manuscritos; documentos com caracteres pequenos (menores que 10 pontos); documentos desalinhados; documentos escritos em idiomas diferentes do especificado; documentos com caracteres em fundo colorido não uniforme, tais como caracteres sombreados; documentos com muitos caracteres decorados, tais como caracteres com relevo ou contorno; documentos com caracteres em fundo padronizado, tais como caracteres sobrepostos em ilustrações e gráficos; documentos com muitos caracteres em contato com sublinhas ou bordas.
Os documentos impressos em fontes muito pequenas devem ser digitalizados com resoluções maiores e o brilho deve ser ajustado adequadamente:
(Fonte: Guia do Usuário do ABBYY® FineReader 11)
(Fonte: Guia do Usuário do ABBYY® FineReader 11)
1. Embora o sistema não exija o preenchimento dos campos “Interessados” e “Observações desta unidade”, esses campos são importantes para a pesquisa de documentos no sistema, sendo desejável a adoção de padrões de preenchimento pelas unidades (para saber mais sobre a funcionalidade de pesquisa, consulte: Métodos de Pesquisa).
2. Ao visualizar documentos externos, o sistema oferece a opção de abrir documentos em formato de imagem e PDF no próprio ambiente do SEI. Para os outros formatos o sistema disponibiliza o download para a máquina do usuário.
3. Podem ser feitas modificações no cadastro do documento pelas unidades em que o processo esteja aberto. Essas unidades visualizarão o ícone 
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4. As unidades em que o processo não estiver aberto visualizarão o ícone 
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