Para o julgamento do caso, foi convocado um Conselho Permanente de Justiça, com quatro oficiais da Aeronáutica e a juíza-auditora, Dra. Zilah Petersen. O Conselho é órgão de primeira instância da Justiça Militar da União.

O fato ocorreu em 30 de março de 2007, quando vários controladores de voo do Centro Integrado de Defesa Aérea e Controle de Tráfego Aéreo (Cindacta), sediado em Brasília (DF), fizeram uma mobilização que resultou na interrupção de decolagens e sobrevoos de aeronaves em área sob sua circunscrição. A atitude dos funcionários deixou milhares de brasileiros e estrangeiros nos aeroportos do país sem perspectiva de embarque. O marco inicial da insatisfação dos denunciados foi a colisão aérea ocorrida em 29 de setembro de 2006, entre um avião da Gol e um jato Legacy. De acordo com os participantes do movimento, o acidente ocorreu por supostas falhas nos equipamentos do sistema de tráfego aéreo.

Em 30 de novembro de 2009, a juíza da Auditoria da 11ª CJM recebeu definitivamente a denúncia formulada pelo Ministério Público Militar (MPM). Dos 89 nomes citados, a juíza recebeu a denúncia apenas contra 51 militares, por considerar que não havia elementos suficientes para a imputação do fato aos outros 38.

Dois dos envolvidos são acusados por incitamento à desobediência, à indisciplina ou à prática de crime militar e atentado contra o transporte aéreo. Nove são acusados por motim contra ordem recebida de superior ou por negar-se a cumpri-la e atentado contra o transporte aéreo. Os outros 40 também foram denunciados, por motim, com recusa conjunta de obediência, por resistência ou violência, contra superior e atentado contra o transporte aéreo. Todos os crimes estão previstos no Código Penal Militar (CPM).