Em 2002, toneladas de alimentos foram dadas como desaparecidas, levantando a suspeita de desvio de produtos, ou de comercialização criminosa paralela, embora não se tenha comprovado processualmente qualquer das hipóteses. Em 2010, o Conselho Especial de Justiça absolveu, por unanimidade, os denunciados, por não haver provas da existência de fato criminoso.
Por unanimidade, os ministros do STM acataram tese da Procuradoria Geral da Justiça Militar, confirmada pelo relator, ministro Raymundo Nonato de Cerqueira Filho, de que na realidade houve um equívoco no controle de materiais, na conferência e na distribuição de gêneros alimentícios, pelo “excesso” de zelo no cumprimento da obrigação de distribuir prontamente os alimentos, que muitas vezes não eram contabilizados. Com base no parecer da PGJM, não houve comprovação de que os denunciados efetivamente se apropriaram ou revenderam as mercadorias.
O comando superior, notificado das irregularidades, procedeu às apurações encaminhando o caso ao Ministério Público, em meados de 2007. A primeira instância da Justiça Militar afastara a punibilidade dos envolvidos pela prescrição do delito, e em tomada de contas especial promovida pelo Tribunal de Contas da União ficou atestada apenas a inabilidade contábil-administrativa da unidade militar, ensejando pagamento de multa.
Sanados os erros na aplicação de normatização operacional dentro do sistema gerencial SIAPE (que controla as ações de compra, verificação e distribuição do governo federal), todas as ações de registro e controle foram validadas, não caracterizando desvio de recurso público.
Na apelação apresentada ao Superior Tribunal Militar, o Ministério Público pedia a desclassificação do crime de peculato doloso, e se cabível, apenas a aplicação do artigo 324 do Código Penal Militar, que prevê pena pelo descumprimento de regras que causem prejuízo à administração militar, no caso apontada pela desorganização contábil.
