No entanto, apesar dos seus 205 anos de existência, de sua indispensável missão a cumprir, adequada estrutura organizacional, especificidade de suas atribuições, celeridade, seriedade, zelo, eficiência e eficácia na solução dos crimes militares capitulados na legislação penal militar, ainda é desconhecida, por parte do público em geral e até do próprio Poder Judiciário, que não lhe concede, nos dias de hoje, justa representação em seu órgão normativo mais importante - o Conselho Nacional de Justiça (CNJ).
Faz-se necessário, primeiramente, distinguir-se a JMU da Justiça Militar Estadual (JME). A JMU julga os crimes militares praticados por militares das Forças Armadas e de civis, sendo estes somente em situações específicas; a JME julga os crimes praticados por integrantes das Polícias Militares Estaduais e dos Corpos de Bombeiros Militares, no âmbito do Estado em que tem jurisdição.
A JMU se organiza em 12 Circunscrições Judiciárias Militares (CJM) de 1ª Instância, que totalizam 19 Auditorias Militares, espalhadas por todo o território nacional, e 1 Auditoria de Correição sediada em Brasília-DF. A sua 2ª Instância é representada pelo Superior Tribunal Militar (STM), também localizado na capital federal. Para manter essa estrutura, utilizou-se, em 2012, de 0,008% do orçamento da União, computando-se, nesse total, cerca de 80% para pagamento de pessoal da ativa e aposentados.
E, ao contrário do que se tem publicado na Imprensa, o número de processos autuados e julgados, no âmbito da JMU, atingiu, no ano de 2012, mais de 1.300 em 1ª Instância (Auditorias Militares) e mais de 1.000 em 2ª Instância (STM), representando, para uma Justiça especializada, voltada especificamente para as Forças Armadas brasileiras, um patamar considerável de ações exclusivamente penais, que, diferentemente de outros tribunais, são julgadas uma a uma (não é praxe na JMU o chamado "julgamento temático"). Temerária seria a manutenção de Forças Armadas em um país, cujos integrantes estivessem envolvidos em um número bem maior de processos penais do que a estatística apresentada.
A importância da JMU, presentemente, fundamenta-se no seu imprescindível papel de respaldar juridicamente a atuação das Forças Armadas brasileiras, cada vez mais empregadas em missões de garantia da lei e da ordem (GLO), de segurança de grandes eventos, de apoio à população em calamidades e campanhas institucionais e, até mesmo, de segurança pública, dentre tantas outras, tutelando os seus valores mais preciosos - a hierarquia e a disciplina -, pois conhece, perfeitamente, as suas servidões, o seu modus operandi, as suas idiossincrasias, a praxe, os regulamentos e, enfim, está mais capacitada a julgar, com precisão e equanimidade, os crimes militares tipificados nos códigos castrenses, que exigem rigor, especificidade e não podem, jamais, mesclar-se a outros dispositivos legais de diferentes naturezas. É um grande equívoco comparar-se a organização do Poder Judiciário brasileiro à de outros países, especialmente no que se refere à existência da Justiça Militar, tendo em vista que, em muitos deles, as Forças Armadas somente possuem a missão de defesa externa, diferentemente do Brasil, em que, constitucionalmente, elas se destinam "à defesa da Pátria, à garantia dos poderes constitucionais e, por iniciativa de qualquer destes, da lei e da ordem".
Por fim, é imperioso considerar que o grande risco no julgamento dos crimes militares pela Justiça Comum, ou seja, não especializada, seria, por exemplo, considerar a deserção uma simples falta ao trabalho, aplicar o princípio da insignificância a um militar flagrado com uma pedra de "crack" no interior do quartel, onde são manuseadas armas de alto poder de destruição ou, ainda, julgar uma insubordinação anos mais tarde, comprometendo a espinha dorsal de uma instituição militar - a hierarquia e a disciplina.
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