A razão do habeas corpus ter sido julgado pelo STM se deveu ao fato de que, em 2007, o processo foi remetido à primeira instância da Justiça Militar, no Rio de Janeiro, pelo Juiz da 6ª Vara Federal Criminal (RJ). O magistrado defendia, com base na Súmula n° 192 do STJ, que Washington cumpria prisão provisória no Presídio Naval, na capital fluminense, estabelecimento sob administração militar, e por esse motivo os atos relacionados à execução da pena deveriam ser de competência da Justiça Militar.

Em 2008, o STJ julgou o conflito de competência e decidiu que ficaria a cargo da Justiça Militar as medidas para execução penal do acusado, após julgar o conflito de competência suscitado pelo Juiz-Auditor da 4ª Auditoria da 1ª Circunscrição Judiciária Militar, órgão de primeira instância da Justiça Militar da União. Com a decisão, o processo continuou seu trâmite normal na Justiça Federal, mas foram transferidos para a Justiça Militar todos os outros incidentes processuais relacionados à execução da pena, como progressão de regime, indulto e pedido liberdade provisória.

Tráfico internacional – O fato que resultou na condenação de Washington ocorreu no dia 19 de abril de 1999, em Recife (PE), por força da operação Mar Aberto, da Polícia Federal. Na ocasião, foram apreendidos 33 kg de cocaína, no interior de uma aeronave Hércules C-130, da Aeronáutica, que tinha como destino a Europa.

Após o incidente, foi decretada prisão preventiva aos sete acusados do esquema de envio de drogas para a Europa em aviões da FAB, entre eles Washington Vieira, que era uma espécie de chefe da associação criminosa no meio militar. Apesar de não estar mais na ativa, o militar dispunha de informações privilegiadas sobre os dias de vôos dos aviões da FAB para a Europa.

Após permanecer foragido por alguns meses, Washington foi preso e recebeu a sentença em 8 de novembro de 2000, tendo de cumprir a pena em regime fechado e sem o direito de apelar em liberdade.