Para garantir melhor aproveitamento dos recursos do sistema no decorrer do tempo e o alcance dos resultados pretendidos de maneira eficaz, são aconselháveis algumas práticas:

• Padronizar procedimentos: por ser uma solução bastante flexível, o SEI possibilita formas variadas de utilização de suas funcionalidades e permite a adaptação a diferentes realidades. Por isso, é importante que órgãos e instituições padronizem procedimentos em diversos níveis, tanto por meio da implementação de normas de utilização do sistema, quanto pela padronização de processos de trabalho em cada unidade. A instituição de normas e procedimentos proporciona segurança da informação e a organização do trabalho. Padronizações no âmbito das unidades (tais como tipos de documentos, tabelas de temporalidade, metodologias e nomenclaturas comuns) facilitam a utilização de recursos que o sistema oferece, incluindo pesquisa e medição de desempenho dos processos (para saber mais sobre pesquisas e medições, consulte:  Métodos de Pesquisa e  Medições de Desempenho);

• Acesso como regra e sigilo como exceção: a transparência é um instrumento de controle social que proporciona meios para garantir a correta atuação do Estado. O SEI adota a filosofia da transparência administrativa, ainda que permita atribuir restrição de acesso a processos e documentos em casos específicos. O sistema tem como princípios a transparência do fluxo de informações e o trabalho colaborativo. O ideal é que se facilite e priorize a publicidade como forma de garantir o funcionamento eficiente do sistema;

• Respeitar as etapas do processo e o fluxo de informações: o SEI proporciona instrumentos para medição e monitoramento dos processos. Também proporciona meios de manter um processo ou conjuntos de processos em permanente acompanhamento, sem que isso interfira nos fluxos de atividades e andamentos. Por isso, é importante cumprir cada etapa de maneira eficiente para a correta medição de desempenho dos processos, assim como deve ser feito uso de funcionalidades de pesquisa e acompanhamento para consulta a informações. Um exemplo de boa prática é a conclusão do processo ou seu envio para outra unidade tão logo as atividades pertinentes na unidade sejam finalizadas, sem mantê-lo desnecessariamente aberto na unidade atual (para saber mais sobre pesquisa, acompanhamento e medições, consulte:  Métodos de Pesquisa,  Acompanhamento Especial,  Blocos Internos e  Medições de Desempenho);

• Dar preferência ao editor do SEI: embora o sistema permita importar alguns formatos de arquivo (Documento Externo), os documentos formais do órgão devem ser redigidos no próprio sistema (Documento Interno). É possível a customização de tipos de documentos em obediência aos padrões e formatação estabelecidos por instrumentos legais, tais como o Manual de Redação da Presidência da República. Os tipos de documentos também podem ser configurados de acordo com a realidade dos órgãos e instituições. Outras vantagens do uso de Documentos Internos são seus formatos padronizados e automatizados (data, numeração, endereço da unidade, processo de referência e número SEI), além da possibilidade dos documentos que exigirem publicação oficial serem publicados diretamente no SEI em Veículo de Publicação, interno (p. ex. Boletim de Serviço) ou externo (Portal).