3.1 Árvore de Documentos do Processo
Todos os documentos do processo são organizados por ordem de inclusão, na vertical, em um modo de visualização denominado “árvore de documentos do processo”:
Processos que, por sua natureza, comportem grande volume de documentos apresentam seus conteúdos aglutinados em pastas, de modo que sempre fiquem visíveis os últimos documentos inseridos. Essa aglutinação não pode ser confundida com “Volume de Processo”, que é típico de processos em suporte físico, não existente em processo eletrônico.
3.2 Iniciar Processo
Para a abertura de um processo, deve ser selecionada a opção "Iniciar Processo" no menu principal:
Na tela "Iniciar Processo" será escolhido o tipo de processo desejado. Os tipos mais usados ficam em destaque assim que a tela é aberta.
Para outros tipos, deve ser selecionado o ícone 
ao lado de "Escolha o Tipo de Processo". Já para voltar à tela anterior, deverá ser selecionado o ícone 
.
O próximo passo é o preenchimento de dados de cadastro do processo.
Estão disponíveis os campos: “Protocolo”, “Especificação” (opcional), “Classificação por Assuntos”, “Interessados” (opcional), “Observações desta unidade” (opcional) e seleção do “Nível de Acesso”.
Quando se tratar de um novo processo, deve-se deixar marcada a opção “Automático”. Assim o próprio SEI fornecerá seu número único:
Caso contrário, deverá ser selecionada a opção “Informado”. Neste caso, automaticamente será disponibilizado um campo para que seja inserido o número de processo e sua data de autuação original:
Com exceção dos campos “Protocolo informado” e “Data de Autuação”, o sistema permite que todos os demais dados de cadastro do processo sejam alterados posteriormente por meio do ícone
(tela do processo), inclusive o Tipo de Processo.
O campo “Especificação” permite a inclusão de 50 caracteres e é utilizado para acrescentar informações que diferenciem processos de um mesmo tipo. Estas informações ficam visíveis ao passar o cursor sobre o número do processo na tela “Controle de Processos”, juntamente com o Tipo de Processo:
O campo "Classificação por Assuntos" é automaticamente preenchido e não deve ser alterado sem que o fato seja informado aos responsáveis pela gestão documental.
O campo “Interessados” deve ser preenchido com a denominação de pessoa física ou jurídica que tenha interesse sobre o mérito do processo. O campo permite a inclusão de vários interessados.
“Observações desta unidade” é um campo de livre preenchimento, onde devem ser inseridas informações adicionais que facilitem a identificação de um processo e a sua recuperação. As informações desse campo só poderão ser recuperadas, na pesquisa, pela unidade que as inseriu.
Seleção do “Nível de Acesso” é obrigatória para a abertura de um processo. Mesmo assim, é possível alterar o nível de acesso de um processo posteriormente por meio do ícone , disponível na tela do processo (para saber mais sobre o nível de restrição de acesso adequado, consulte: 
Restrição de Acesso).
1. Embora o sistema não exija o preenchimento dos campos “Especificação", “Interessados” e “Observações desta unidade”, esses campos são importantes para a pesquisa de documentos no sistema, sendo desejável a adoção de padrões de preenchimento pelas unidades (para saber mais sobre a funcionalidade de pesquisa, consulte: Métodos de Pesquisa ).
2. O ideal é que a opção de inserção manual do número de protocolo de um processo seja utilizada somente para os casos de processos gerados fora da entidade ou processos criados antes da implantação do SEI.
3. O processo recém-aberto é automaticamente atribuído ao usuário que o abriu e será mostrado no grupo de processos à direita da tela “Controle de Processos” (coluna “Gerados”).
4. Só podem ser efetuadas modificações no cadastro do processo por meio do ícone se o processo estiver aberto na unidade. Quando não aberto na unidade, o ícone é alterado automaticamente para 
.
5. A inclusão de um novo tipo de processo deverá ser solicitada à unidade responsável pela gestão documental.
3.3 Tipos de Processo
Um processo só pode ser aberto se estiver categorizado em um tipo disponível na tela “Iniciar Processo”.
Essa tela contém os tipos de processos nos quais os documentos serão incluídos, tendo em vista que no SEI somente é permitida a tramitação de processos.
É possível alterar o tipo de um processo em trâmite. Basta selecionar o número na tela “Controle de Processos”. O sistema abrirá a tela do processo. Deverá ser selecionado o ícone 
. Na tela “Alterar Processo”, deverá ser selecionada uma das opções disponíveis na barra de rolagem do campo “Tipo de processo”. As informações devem ser salvas.
1. A troca de tipo de processo pode ser efetuada em qualquer unidade na qual o processo esteja aberto.
2. A alteração de tipo de processo não fica disponível ao visualizar o andamento do processo; por isso, a alteração pode ser registrada selecionando-se o ícone 
e descrevendo as alterações no campo “Descrição”. Nesse caso, é preciso certo cuidado porque as informações não podem ser editadas depois que são salvas (para saber mais sobre histórico de operações de um processo, consulte: Verificar o Histórico de Modificações).
3.4 Processos com Restrição de Acesso
Processos e documentos sigilosos são indicados por meio do ícone 
ao lado dos respectivos números (árvore do processo).
Já processos e documentos restritos são indicados por meio do ícone 
ao lado dos números.
O SEI permite que processos sigilosos tenham acompanhamento de trâmites usuário a usuário, desde que credenciados para acesso. Os usuários podem ser da unidade geradora ou de outras unidades.
Para atribuir uma credencial de acesso, o usuário gerador do processo sigiloso deve selecionar a opção 
na tela do processo. Deve preencher o campo “Conceder Credencial de Acesso para” com nome de usuário já cadastrado no sistema.
Caso o usuário possa se logar em mais de uma unidade, o SEI abre outro campo onde deve ser informada a unidade do usuário (se o sistema não reconhecer o usuário, não abrirá o campo para preenchimento da unidade e a operação não será completada).
Ao selecionar a unidade na barra de rolagem, o sistema abre a opção “Conceder”. Ao clicar na opção, é mostrado um quadro com as credenciais de acesso concedidas. Na mesma tela é possível conceder credenciais para outros usuários. Também é possível “Cassar a Credencial de Acesso” (retirar a permissão do usuário) por meio da coluna “Ações” do quadro com a lista de credenciais.
Um usuário que recebeu uma credencial de acesso a um processo sigiloso o visualizará com um fundo colorido.
Ao selecionar o processo, o sistema abre a janela “Credencial de Acesso”.
O usuário deverá preencher o campo “Senha” e o sistema abrirá a tela do processo.
Nesta tela estarão disponíveis os ícones “Gerenciar Credenciais de Acesso” 
e “Renunciar Credenciais de Acesso” 
. O primeiro permite que o usuário que recebeu a permissão conceda credencial de acesso para outro usuário. O segundo permite renunciar à credencial com um só clique; basta confirmar a operação.
Ao renunciar a uma credencial, o processo desaparece da tela “Controle de Processos”.
Não é necessário enviar o processo para a unidade do usuário com credencial para acesso.
1. Um processo sigiloso não pode ser incluído em blocos ou em acompanhamento especial (para saber mais sobre blocos, consulte: Acompanhamento Especial, Blocos Internos, Bloco de Reunião e Assinaturas por Usuários de outras Unidades).
2. Processos sigilosos não podem ser anexados a outros processos. No entanto, permitem ser relacionados a outros processos. Neste caso, só ficam visíveis para os usuários que possuem acesso a eles. Outros usuários não conseguem visualizar um processo sigiloso relacionado (para saber mais sobre relações entre processos, consulte: Relações entre Informações).
3. Processos sigilosos permitem referência somente a documentos do próprio processo (para saber mais sobre a inserção de links, consulte: Referenciar Documentos ou Processos).
4. Processos sigilosos não são computados nas pesquisas disponíveis por meio do menu “Estatísticas”.
5. Ao acessar o ícone 
na tela de “Controle de Processos”, é possível verificar um quadro com a lista de processos sigilosos com permissão de acesso para o usuário. Caso não exista nenhum, o ícone não fica visível.
